นอกจากพิพิธภัณฑ์ฯจะให้บริการวิชาการแก่บุคคลทั่วไปในรูปแบบการเข้าชมนิทรรศการแล้ว ในบางโอกาสก็จะมีการจัดกิจกรรมพิเศษ เพื่อให้ผู้เข้าชมได้รับประสบการที่แปลกใหม่ โดยในแต่ละปีจะมี 2 ครั้ง ที่พิพิธภัณฑ์จะจัดกิจกรรมพิเศษ และเปิดให้บุคคลทั่วไปได้เข้าชม และทำกิจกรรมโดยไม่มีค่าใช้จ่าย ได้แก่ วันเด็กแห่งชาติ และสัปดาห์วิทยาศาสตร์แห่งชาติ
วันเด็กแห่งชาติ
วันเสาร์ที่ 2 ของเดือนมกราคม ถูกกำหนดให้เป็นวันเด็กแห่งชาติ ทุกปีพิพิธภัณฑ์ฯจะจัดกิจกรรม และเปิดให้เด็กๆและผู้ปกครองได้เข้าชมพิพิธภัณฑ์ฯโดยไม่มีค่าใช้จ่าย เพื่อเป็นการส่งเสริมให้เด็กๆได้เรียนรู้เรื่องราวเกี่ยวกับธรรมชาติวิทยา ปลูกฝังเจตคติที่ดีเกี่ยวกับวิทยาศาสตร์ และการอนุรักษ์ธรรมชาติ สร้างแรงบันดาลใจ และให้ความสนุกสนาน ในแต่ละปีพิพิธภัณฑ์ฯจะจัดกิจกรรมที่แตกต่างกันไป เช่น กิจกรรมเกม กิจกรรมศิลปะ กิจกรรมสิ่งประดิษฐ์ การแสดงสาธิตทางวิทยาศาสตร์ และในบางปีก็มีนิทรรศการชั่วคราวมาจัดแสดงให้ความรู้ด้วย โดยจะมีเด็กๆและผู้ปกครองเข้าร่วมกิจกรรมไม่ต่ำกว่า 2,000 คน
สัปดาห์วิทยาศาสตร์แห่งชาติ
คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้จัดงานสัปดาห์วิทยาศาสตร์เป็นประจำทุกปี ในช่วงเวลาดังกล่าวจะมีนักเรียนนักศึกษาจากทั่วภาคใต้เข้ามาชมนิทรรศการ และทำกิจกรรมเกี่ยวกับวิทยาศาสตร์ โดยพิพิธภัณฑ์ฯ เป็นหนึ่งในหน่วยงานสำคัญที่รับหน้าที่ให้ความรู้เกี่ยวกับธรรมชาติวิทยา ผ่านทางนิทรรศการ และกิจกรรมพิเศษที่จัดขึ้นเฉพาะในช่วงเวลาดังกล่าว เช่น กิจกรรมเกม กิจกรรมศิลปะ กิจกรรมสิ่งประดิษฐ์ และการแสดงสาธิตทางวิทยาศาสตร์ นอกจากนี้ทางพิพิธภัณฑ์ฯ ยังเลือกช่วงเวลาดังกล่าวในการเปิดตัวนิทรรศการใหม่ด้วย ในแต่ละปีมีนักเรียนนักศึกษา เข้าชมนิทรรศการประมาณ 20,000 – 40,000 คนในช่วงดังกล่าว
วันเด็กแห่งชาติ
สัปดาห์วิทยาศาสตร์แห่งชาติ